Sebagian besar pasien menerima sedasi, sehingga rasa tidak nyaman minimal. Sakit tenggorokan ringan atau batuk mungkin terjadi setelah prosedur.

Prosedur biasanya memakan waktu 30 hingga 60 menit, tergantung area yang diperiksa dan apakah biopsi dilakukan.

EBUS umumnya aman dengan tingkat komplikasi rendah. Risiko kecil dapat meliputi perdarahan, infeksi, mediastinitis, atau reaksi terhadap sedasi.

Hasil awal mungkin dibahas segera setelah prosedur, sementara hasil biopsi biasanya tersedia dalam beberapa hari.

Banyak pasien dapat pulang pada hari yang sama atau dalam 1–2 hari, tergantung kondisi mereka.