大多数患者会接受镇静，因此不适感较轻。检查后可能会出现轻微喉咙痛或咳嗽。

检查通常需要30至60分钟，具体时间取决于检查范围及是否进行活检。

EBUS总体上是安全的，并发症发生率较低。轻微风险包括出血、感染、纵隔炎或对镇静药物的反应。

大多数病人可在当天或1-2天内出院， 取决于患者的复原情况。