EUS 用于更详细地检查消化道及邻近器官。在部分情况下，也可用于引导组织或液体取样。
一般内镜检查主要观察消化道内壁；EUS 则结合内镜与超声，因此也能评估更深层的组织及周围结构。
EUS 通常会配合镇静，因此不适感一般较为有限。部分患者检查后可能会有轻微喉咙刺激感、腹胀或短暂不适。
检查通常约需 30 至 60 分钟，具体时间视检查目的及是否同时进行其他操作而定。
初步结果有时可在检查后说明；若有进行组织取样，最终结果可能需要数天时间。
EUS 一般被认为属于低风险程序，但仍可能出现并发症。医生会在检查前说明可能的风险、益处及局限性。
